V noci ze 14. na 15. března 1939 byl prezident Hácha donucen Hitlerem a Göringem podepsat potupnou smlouvu. Vyhrožovali mu, že když nepodepíše, bude Praha bombardována německými letadly a bude-li německé armádě kladen odpor při přechodu hranic, má rozkaz obyvatelstvo zmasakrovat. Ten nakonec souhlasil s tím, že vůdce převezme český národ „pod svou ochranu“. 15. března ráno překročily německé jednotky hranice vlastně již neexistující republiky. Tento den bylo v naší obci chmurné sněhové počasí. Už po šesté hodině ráno obecní strážník Kundrata rachotil se svým bubnem a oznamoval občanům, že německé vojsko obsazuje naše území a nadřízené úřady žádají, aby při jeho příchodu k nám zachovali občané klid. Už ve čtvrtek 16. března přijelo do Ratíškovic 8 vojenských aut a v nich asi 22 mužů, kteří byli ubytování v sále obecního domu a auta stála v ulici Dědina od prodejny Baťa až ke kostelu. Německý oddíl byl u nás ubytován tři dny. Na obecním úřadě a na poště byla vždy přes den vztyčena německá vlajka. Všichni k nim měli vztah chladný a nepřátelský, ale nikdo nemohl svou nenávist projevit.
Na druhý den byl vyhlášen Protektorát Čechy a Morava (Protektorat Böhmen und Mähren) jako součást velkoněmecké říše, která nad ním vyhlásila svou „ochranu“. Československá armáda byla rozpuštěna a od 1. dubna nesměl být žádný z jejích příslušníků v uniformě. Hodonínský jezdecký pluk převzalo německé vojsko a za krátký čas byly kasárny jako vymeteny.
Začal se projevovat obrat v hospodářském životě. Zboží v obchodech začalo podražovat a začal ho být citelný nedostatek. Ceny dobytka a masa se během roku zdvojnásobily, ceny textilu a střižného zboží stouply o 100%. Benzín byl na příděl a mnohá soukromá auta byla zabavena. Bylo velmi omezeno vydávání českého tisku a některé časopisy a noviny byly zakázány. V září se začaly vydávat potravinové lístky na maso, sádlo, mouku na vaření a chléb, na umělé tuky, cukr a mléko. Platily vždy na dobu 4 týdnů, po použití se odevzdaly na obecním úřadě a dostaly se nové. Místní zemědělci jako samozásobitelé masem a chlebem dostali lístky jen na cukr a umělé tuky. Od 15. prosince se vydávaly lístky i na textil a obuv. Každý občan dostal jeden 100bodový lístek, který platil po celý rok; přitom např. při zakoupení mužské košile odstřihl obchodník 20 bodů, za mužský pracovní oblek 60 bodů atd. Na boty byly na obecním úřadě vydávány zvláštní lístky.
Začátkem žní v červenci několik občanů v naší obci náhle onemocnělo. Všichni dostali strach, že se jedná o epidemii tyfu, ale povolaný lékař oznámil, že se jedná o otravu masem. Během vyšetřování vyšlo najevo, že řezník J. Klimeš z čp. 25 koupil nemocnou prasnici a i když bylo parné léto, maso zpracoval a prodával. Onemocnělo asi 60 osob a tři z nich dokonce zemřely. Řezník byl odsouzen k náhradě soudních výloh a byla mu odňata živnost.
Poslední den tohoto roku odešel z rodného domu od své matky 22letý horník Jaroslav Kotásek čp. 72. Kam odchází, nikomu neřekl, ale jeho úmyslem bylo dostat se do zahraničí a bojovat proti okupantům.
Začátkem roku 1940 už všichni začali pociťovat ostřeji vládu Němců u nás. 11. 1. vešlo v platnost vládní nařízení, které stanovilo, kdo z dřívějších česko-slovenských státních občanů nabyl protektorátní občanství. Získávali ji především ti, kteří od 16. 3. 1939 měli bydliště nebo domovské právo v některé obci protektorátu. Proto také v tomto školním roce měly děti v Ratíškovicích na vysvědčení sice uvedenou národnost českou, ale státní příslušnost už byla protektorátní. Řídící učitel Josef Sedláček ve školní kronice napsal : „...Roky 1940 – 1945 znamenají pro českou školu dobu plánovitého útisku a germanizace. Němci velmi dobře věděli, co česká škola znamená pro náš lid a proto od prvního okamžiku se snažili podtrhnout její kořeny. Pro jejich plány do budoucna se nehodil vzdělaný a uvědomělý český člověk. Potřebovali jen zaostalé a tupé otroky, pracující bez reptání pro Herrenvolk. Šli za svým cílem, vytrvale a jistě. Nařídili nejprve ze škol odstranit všechny obrazy, znaky a mapy, připomínající republiku. Učebnice, učitelská i žákovská knihovna byly revidovány a každá kniha, obsahující sebenepatrnější zmínku o republice či jejích představitelích nebo podporující vlastenecké cítění, byla vyřazována. Učebnice konečně vůbec musely býti staženy a odevzdány do stoupy. Byly pak vydávány učebnice nové, „nezávadné“. ... Aby se v dětech nemohlo pěstovati národní uvědomění, bylo po dobu trvání války zastaveno vyučování dějepisu.... Také osnovy zeměpisu byly důkladně změněny. Ve vyšších třídách omezovaly se jen na důkladné dření o Reichu.... přitom byla do škol pomalu naočkována němčina. ...Později byla zavedena hned od prvé třídy.... V prvé třídě byly vyhrazeny němčině 4 hodiny týdně, ve vyšších 6 až 7. Každý, jen poněkud soudný člověk, si dovede představit trápení žáků i učitelů, když takovým prvňáčkům, kteří se ještě nedovedou ve svém mateřském jazyku řádně vyjádřit a jejich zásoba slov není veliká, musela býti vtloukána cizí slova a celé věty podle prvoučných obrázků.... Učitelé museli prokázati schopnost vyučovati němčině úředními zkouškami... Učitelé, kteří neobstáli, museli zkoušku opakovat, byl jim zastaven postup a hrozilo vůbec propuštění ...“.
Aby byla německá armáda dobře zásobována potravinami, přišlo začátkem roku nařízení o povinném odevzdávání sádla i masa z domácích zabijaček. Prasata se mohla porážet až o živé váze 100 kg a z této váhy musel majitel odevzdat do sběrny 4 kg syrového nebo 3 kg vytopeného sádla. Přitom příděl tuků na lístky byl 35g na týden a osobu a to jen pro dospělé starší 14 let. Děti do 14 let měli jen lístky na máslo a umělé tuky. Cena na odevzdané sádlo byla stanovena na 14,30K za kg, avšak toto množství na lístky stálo 24K.
Zaměstnanost v té době byla v Ratíškovicích dobrá, protože většina mužů pracovala v dolech, ale mzdy byly velmi malé. Začátkem roku bylo několik dělníků úřadem práce nasazeno do Německa. Protože tam byl výdělek až 3x větší než u nás, několik málo mladých lidí odešlo dobrovolně. Už během měsíce ledna bylo v Říši asi 36 osob. Byl tam však mnohem menší příděl potravin, takže některým musela rodina posílat potraviny a chléb.
Dne 22. června 1941 informovala zvláštní vydání novin o vypuknutí války mezi Německem a Sovětským svazem. Do rádia byly vysílány zkreslené zprávy o vítězném postupu nacistických vojsk, o topení nepřátelských lodí. 18. července na úředním dnu starostů v Hodoníně bylo nařízeno označit všechny veřejné budovy písmenem „V“ – vítězíme. Náš starosta Koutný, který snad jediný měl při těchto úředních jednáních odvahu proti různým drastickým nařízením protestovat, nebral tuto věc vážně a myslel si: však to někdy uděláme. Ale už druhý den večer přijeli četníci, kteří měli kontrolovat splnění příkazu. Starosta dostal napomenutí a chystal se splnit rozkaz. Předběhli ho ale jiní – v neděli ráno byla popsána vrata domů od kostela ke škole písmeny P.V. a na vratech okolo silnice V. SSSR. Kdo to udělal, žádný nevěděl... Ještě ten den vrazili do starostovi kanceláře dva Němci v civilu a písmeno V muselo být do druhého dne na obecních budovách napsáno.
Během měsíce června a července bylo v Hodoníně zatčeno několik občanů pro odbojovou činnost. 12. 8. mezi nimi byl i náčelník Orelské župy Šilingrovy Vít Příkaský čp. 118. Byl vězněn v Uherském Hradišti, v Kounicových kolejích v Brně a v lednu 1942 byl transportován do koncentračního tábora v Mauthausenu. Tam podlehl hrozným útrapám mučení a 1. 7. 1942 byl ubit v kamenolomu. Nepromluvil a ani nezradil nikoho ze svých spolupracovníků.
Na podzim byli říšským rozhodnutím všichni Židé zbaveni občanských práv a propuštěni ze všech úřadů. Ratíškovic se to netýkalo, protože poslední židovská rodina, Kohůtovi z č. 58, se vystěhovali už r. 1910. Každý musel na kabátě nosit přišitou velkou žlutou hvězdu s označením Jude. Podle ratíškovického kronikáře „To mají od Němců asi za to, že v dřívějších dobách to byli převážně Židé, kteří u nás nejvíc propagovali němectví a mnozí ani nechtěli česky mluvit“. V říjnu byl zatčen učitel zdejší školy Josef Kocůrek a keramik Karel Němec, oba jako vedoucí funkcionáři Sokola; po určité době byli propuštěni. 21. listopadu musela být odevzdána obecní kronika a proto byl narychlo udělán opis některých částí - pro případ, že by byla zničena.
V roce 1942 uhodily velké mrazy a stále padal sníh. Sněhové vánice zavály silnice. Obec musela ve svém katastru udržovat hlavní směry sjízdné, proto několik občanů stále pracovalo na uklízení sněhu. Sotva je však uvolnili, přišly větry a silnice byla samá závěj. 22. února pro celý den a noc 40 dělníků odstraňovalo sníh na Baťově vlečce od lesa po důl Tomáš, aby se vlak, který ve sněhu uvízl, dostal do závodu. 19. března přijelo několik dělníků od hodonínské firmy Barborčík s nařízením odevzdat zvony, které měly být přetaveny na vojenský materiál. Byl ponechán jen ten nejmenší – umíráček. Podle zápisů ve farní kronice „Na svátek sv. Josefa, 19. 3. 1942 měli jsme duchovní obnovu. Měl ji důst. pán františkán z Kroměříže. Právě sloužil mši svatou, když rozezvučely se všechny zvony na rozloučenou. Z nařízení státních úřadů byly nám všechny zvony odebrány, jen umíráček ponechán. Pan důlní měřič Otýs daroval mi na památku několik fotografií krásných našich zvonů.“ (foto)
S okamžitou platností byla také zastavena činnost Jednoty Orla a tělocvičné jednoty Sokol. Spolkové jmění bylo zajištěno a byla zakázána jakákoliv manipulace s ním.
Dne 4. června 1942 zemřel na následky zranění po atentátu zastupující říšský protektor Reinhard Heydrich. Reakce okupantů byla tvrdá: ihned po atentátu vyšel dekret o stanném právu a na pachatele, mezi nimiž byl i hodonínský rodák Josef Valčík, byla vypsána odměna. Odvetou byly velké razie na osoby schvalující atentát, vyvíjející protinacistickou činnost a na ty, kteří ukrývali nepřátele říše. Svou činnost obnovily stanné soudy, které poslaly na smrt zcela bez rozsudku tisíce lidí. Byl vypsán trest smrti každému, kdo by skrýval nepřátele říše. V domě Josefa Příkaského čp. 91 se skrýval ruský zajatec Sergej, který utekl z fronty; u Cyrila Doležala čp. 108 se skrýval Jugoslávec jménem Jurka. Ti museli odejít, aby nepřivedli rodiny do nebezpečí. Rus se po určitou dobu skrýval v polích u Rúdníka a pak byl někým zrazen, v bzeneckém lese obklíčen a zabit. Jurka byl doma v Jugoslávii zastřelen jako partyzán.
V roce 1943 musel mít každý majitel půdy od půl hektaru výše hospodářskou knížku, kde muselo být označeno, kolik půdy vlastní, kolik a jak obdělává, kolik sklidil a kolik odevzdal. Knížku musela kontrolovat hospodářská komise v obci a musela být vždy v pořádku a kdykoliv k dispozici. 19. března přišla do Ratíškovic kontrola, provázena ozbrojenými německými vojáky. Knížky byly zkontrolovány a každému, kdo ji měl nějakým způsobem v nepořádku, byla provedena zevrubná prohlídka domu. Naštěstí mezi komisaři byl také jeden Čech, který také Čechům pomáhal. V kronice je zapsáno že „...řekl: První věcí je nepospíchat, ale pomalu, aby to co nejdéle trvalo a abychom toho do večera co nejmíň obešli. Povězte mi pravdivě a nic nezatajujte, kde to máte schované. Kde je něco schované, tam půjdu hledat já, a kde nic není, tam pošlu vojáky.“ Všichni občané však takové štěstí neměli, nepřihlášené zboží jim bylo zabaveno a někteří šli také do vězení.
V roce 1944, v noci ze 12. na 13. dubna, spadla v lese Rudníčku skupina 3 parašutistů. Ráno už bylo na stromech vidět jen pověšené padáky. Bylo zalarmováno německé vojsko, to obsadilo a prohledalo celý les, ale nikoho nenašlo. Až po válce se ratiškovjáci dozvěděli, že se jednalo o skupinu Carbon. Byli to vesměs moravští slováci – dva z nich odešli až za Luhačovice, tam prý byli vyzrazeni a proto pak spáchali sebevraždu, aby se Němcům nedostali živí do rukou. Jeden z nich pracoval tajnou vysílačkou na bzenecku. Hospodářská situace byla stále horší, nedostávalo se potravin, obilí se muselo z větší míry odevzdávat a z toho důvodu byla mouka nedostatková. Muselo se proto mlet na černo. Cizí mlynáři brali z pomletí 1q obilí poplatek 10kg, ale náš mlynář ale bral až 20kg z 1q, což bylo podle kronikáře „již dosti nepoctivé“. 20. listopadu byl nálet na Hodonín, „ve čtvrt na jednu odpoledne ozvaly se od Hodonína třeskuté rány vzduchem, které se po malé chvíli opakovaly, že až okna drněla a se chvěla. ... kdož ví, jestli něco letadla nepošlou i nám na naše doly“. Celkem zahynulo 179 osob, váha svržených bomb byla asi 68 tun. Při bombardování zahynuli i občané z naší obce.
V roce 1945, v době Velikonočních svátků, už bylo slyšet dunění děl ze slovenské strany. Všichni si připravovali úkryty, kde by mohli strávit přechod fronty naší obcí. Někteří doma ve sklepech, jiní v lese Rudníčku, v Doubravě, někteří až u kapličky Panny Marie. Horníci chystali kryty v dolech Tomáš, Vlasta a Theodor. Od 4. do 6. dubna postupovali naší obcí směrem ke Kyjovu Maďarští vojáci. Pak se objevili Němci. Čím dál víc byly vidět záblesky ohňů z nejbližšího okolí, detonace po vyhazování mostů.... 9. dubna po silnici od Hodonína a od Rohatce pak ulicí Řádky ustupovali první části bojující německé armády. 11. dubna večer začalo nad obcí hrčet letadlo, ozvaly se ohlušující rány a dopadat bomby. Bylo zničeno několik domů v okolí křižovatky na ulici Hradčany (dnes Rohatecká a Školní) . Bombardování bylo i v příštích dnech, lidé nechávali doma opuštěná hospodářství a dobytek a stěhovali se do krytů a do dolů. Jen v dole Theodor bylo asi 1500 lidí, podle uč. Sedláčka „..se v těchto strastiplných dnech v podzemí také narodila 3 děvčátka a porodní babička je pokřtila na Marie Theodory..“ Němci postavili děla u padělků za humny, v boří u cesty k Vacenovicím, u Zbrodku, na fotbalovém hřišti a také v tzv. staré cihelně za ulicí Hradčany (dnes Rohatecká). 13. dubna až do 10. hod. večer trval další nálet. Obcí projížděli tankisté SS, silnice od Hodonína až ke kostelu je stále pod dohledem letců Rudé armády, kteří střílí z palubních zbraní na ustupující jednotky. 14. dubna bylo slyšet ostrou palbu u cihelny a u myslivny. Ten den byla také pochována na hřbitově první oběť náletu. Místní farář dp. Valoušek zařídil rychlý obřad. Z desek byla udělána narychlo rakev, hrob ještě ani nebyl pořádně vykopán, nad hlavami účastníků pohřbu hvízdaly střely. Večer se pak rozpoutala kanonáda, která trvala až do 11. hodin. 16. dubna podnikli Rusové útok z lesa od myslivny a dostali se až do několika prvním domům. Z druhé strany silnice byli Němci, kteří na tato stavení házeli zápalné bomby. Dva z raněných Rusů byli druhého dne nalezeni mrtví u Zemánků čp. 155 (Němci byli krutí – svázali je ostnatým drátem a položili nohama směrem k balíku slámy, který zapálili. Mladí Rusové se tak postupně od nohou pekli a po celou dobu museli cítit bolest.) Odpoledne po náletu shořelo úplně povrchové zařízení na dole Theodor u milotické silnice. V úterý 17. dubna se už neodvážil nikdo pohybovat venku. Kolem 7. hodiny večer už ozbrojení němečtí vojáci postupovali ulicí Dědina, pásy nábojů kolem krku, opasky plné zavěšených granátů. Střelba byla až do 11. hodin. Kolem půlnoci se objevili na severní straně obce směrem od Rudníčka první hlídky rudoarmějců, které v domě Martina Frolce č. 556 zajali několik ukrytých Němců.
Podle ratíškovické kroniky „... 18. dubna 1945 po půlnoci a v časných ranních hodinách už vítali někteří naši občané první rudoarmějce, kteří naši obec konečně osvobodili. ...Jaká radost zachvátila nás všechny, nelze ani povědět. ...Po Němcích už ani památky. ...Na obecním domě byla vztyčena československá a ruská vlajka. ... Mnozí z pláčem se shledávali se svými drahými a se svými opuštěnými domy, z nichž některé byly přímo vyrabovány. ...Několik domů bylo vyhořeno do základů i s veškerým obytným i hospodářským zařízením. .. V celé obci to bylo více než 300 domů a ještě více bytového zařízení. ...Smutný byl pohled i na náš kostel, který byl od střel a granátů značně poškozen....“ V kostele byla mimo jiné také proražena chrámová klenba, poškozen ciferník a okna, střepiny granátu se rozstříkly uvnitř kostela. Chrám byl ale narychlo očištěn a již příští neděli 22. dubna se mohly konat služby Boží jako obvykle. Hned v prvních dnech osvobození bylo také nutné vyhledat a pochovat všechny padlé vojáky. Němci byli zakopáni na tom místě, kde je lidé našli; ruské a rumunské vojáky odnášeli na hřbitov (foto). Celkem tady bylo pochováno 16 ruských a 7 rumunských vojáků. Mezi ruskými byl i pilot, který havaroval na poli na dílech. Tito vojáci pak byli v zimě 1945-46 exhumováni a převezeni do Hodonína ke společnému pohřbení.

Z našich občanů při přechodu fronty byli zabiti nebo následkem těžkého zranění podlehli následující: Blaha Stanislav č. 345, Brablec Oldřich – vedoucí potravního spolku Konsum, Kordula Jan č. 254, Kotásková Frant. č. 255, Křížek Josef č. 277, Lokaj Milan č. 263, Přibilová Josefa č. 352, Zemánek Jan č. 515, Kordula Frant. č. 251 byl zabit v Praze při květnovém povstání, 16letý Macek Stanislav č. 118 byl zabit při manipulaci s nevybuchlou minou. 5. března 1940 byl gestapem zatčen František Dekař, obuvnický mistr z domu čp. 159 v ul. Řádky – zemřel při evakuaci koncentračního tábora Neuengammen u Hamburku. Jaroslav Kotásek čp. 72 uprchl do výcvikového tábora v Anglii, kde dosáhl hodnosti poručíka – byl zastřelen Němci 16. 6. 1944 v Myslibořicíh. Antonín Hebron čp. 58 byl jako funkcionář Sokola zapojen do odbojové činnosti; 16. 10. 1941 byl zatčen a zemřel 12. 7. 1942 v koncentračním táboře Mauthausen. Vít Příkaský čp. 118, župní náčelník Orla, byl zatčen 12. 10. 1941 a zemřel 1. 7. 1942 v Mauthausenu. Jeho manželka Anežka Příkaská a 12letá dcera zemřely při náletu na Hodonín. Tam také zahynul Ladislav Šťastný čp. 181, Antonín Foltýn čp. 376, Antonín Příkaský čp. 196 a Jaroslav Měchura čp. 196.